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測序與重測序 :
Illumina Genome Analyzer系統都是當今世界上最先進、最經濟的平臺,本中心可測定的整個基因組的序列和基因組上一個大片斷候選區域的序列。

SNP發現、篩選:
SNP(single nucleotide polymophism/是單核苷酸多態性)是發生在基因組序列中由單個堿基的變化引起的一種DNA序列變化,本中心利用高準確度的DNA測序技術提供以下SNP發現、篩選服務:

  1. 高通量的SNP 發現服務;高通量質譜對已知SNP位點進行大規模篩選; 
  2. 提供SNP篩選、確定新的SNP位點和發生頻率統計比較等一系列服務 。

基因表達測序:
通過對樣本中數以百萬計的cDNA標簽同時進行序列測定,可對整個轉錄組進行數字化的分析;同時在無需事先知道基因組的注釋情況下,可進行全基因組轉錄子的發掘與定量分析。

小RNA鑒定與定量分析:
本中心可提供適用于各個物種的小RNA深度鑒定與定量分析研究。通過大量的平行測序,可以發掘、鑒定并定量出任何物種全基因組水平的小RNA圖譜。

測序流程

 
 

Illumina/Solexa公司的基因組測序儀是根據目前最新一代的測序技術研制而成的測序儀,該技術可在一張芯片獲取1G的堿基數據,每個樣品提供大約2百萬個序列標簽,超過了過去一臺Megabace測序儀近百倍的工作量,并且大大的降低了成本。對長片段質粒及基因組測序及重測序找出突變點并進行SNP分析;提供數字化基因表達圖譜、small RNA表達圖譜及全基因組甲基化圖譜分析。

Illumina/Solexa公司測序技術為廣大用戶提供了強大的下一代測序方法,為目前遺傳分析和功能基因組等熱門研究領域的部分熱門課題提出了全新的應用方案。如需進一步了解,請訪問。


 

測序與重測序 :

  1. 將待測序的DNA進行純化,并保證DNA的完整性,且OD 260/280的比值在1.8-2.0之間;
  2. 取1-10 µg符合上述要求的DNA采用超聲破碎的方法隨機打斷DNA,保證DNA片段主要集中在800 bp以下,產物要通過預實驗的電泳檢測,確定產物片段大小;
  3. 將超聲破碎后的DNA樣品純化(建議采用QAIquick PCR Purification kit),50 µl EB洗脫,-20℃保存。

SNP發現、篩選:

  1. 總DNA濃度大于103拷貝/μl,保證在103-105拷貝/μl,提供足夠使用的DNA;
  2. 提供有關樣品來源及DNA提取詳細信息(本中心可另行提供DNA提取服務);

基因表達測序:

由于RNA樣品的特殊性,除非樣品總量的非常受限,我們在實驗進行之前將對客戶提供的RNA樣品進行質量檢測,如果樣品未通過質量監控,我們將在芯片雜交之前通知客戶,并按照總費用的10%收取費用。
mg电子平台 品質優良的RNA樣本是實驗成功的重要因素,因此我們要求客戶在送樣品之前首先要對該RNA樣品進行質量監測,同時我們也將用Agilent BioAnalyzer 2100儀器檢測RNA的純度和完整性。

mg电子平台①.RNA質量控制標準介紹:

  1. OD260 / OD280在1.9-2.1之間;
  2. 電泳28S條帶亮度與18S條帶亮度的比值大于1.8;
  3. Bioannalyzer分析RNA完整性數據(RIN)大于9.0;
  4. 無基因組DNA污染。
    RNA樣品在符合上述要求后,還必須避免含有蛋白、其它細胞器、以及許多分離方法中使用的有機溶劑(如苯酚或乙醇)和鹽。
    另:RNA的抽提方法有很多種,Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不錯的方法。我們希望任何按照TRIZOL方法抽提得到的RNA最后都能經過RNeasy柱純化。如因樣品未經RNeasy純化而導致實驗失敗,我們不負任何責任。

②.RNA樣品數量要求:
將5-10 µg符合要求的總RNA樣品稀釋于50-100 µl無RNase的超純水中,-20℃保存。

小RNA鑒定與定量分析:

客戶只需提供實驗最初需要的總RNA即可,而總RNA可以通過許多分離方法得到, Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不錯的方法。 RNA質量控制與 轉錄組學分析的標準相同(見上)。 我們建議客戶在送樣品之前首先用1%瓊脂糖凝膠和EB染色的方法檢測RNA的質量,并采用安捷倫公司2100生物檢測儀(Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer)檢測總RNA的完整性;同時客戶將樣品送來后,我們也將首先用該生物檢測儀對RNA進行質量控制,每個樣品的檢測費用為30美元。

RNA質量控制標準及RNA數量要求同“基因表達測序”。